In un futuro vicino, delle creature sconosciute hanno obbligato l’umanità a nascondersi per sopravvivere. L’ultima speranza è nelle mani dei “God Eaters”, I quali combattono usando armi biologiche chiamate “God Arc” e sviluppate da una compagnia chiamata “Fenrir”. I sopravvissuti hanno creato delle basi sotterranee chiamate “Porti” in luoghi nascosti. Hanno inoltre creato una generazioni di nuovi combattenti chiamati “Adaptive God Eater” conosciuti come “AGE”.
